Парфений родился на острове Лесбос , и в 1639 году он был избран митрополитом Хиосским . 26 июля 1656 года он стал Вселенским Патриархом, сменив Иоанниция II .

Парфения, который встал на сторону русских в столкновениях за контроль над церковью на Украине . в 1656 г. осудил 1643 исповедание веры предыдущего митрополита Киевского Петра Могилы , которое он считал слишком близким к католической доктрине . Однако исповедание веры Петра Могилы было одобрено всеми грекоязычными патриархами в 1643 году, а в 1662 году оно было вновь одобрено в 1662 году Патриархом Иерусалимским и Иерусалимским Синодом 1672 года.

Парфений также провел захоронение останков, обнаруженных на берегу, своего предшественника Кирилла Лукариса , который был убит в 1638 году на корабле в Мраморном море , а его труп был брошен в воды.

Чтобы собрать средства, Парфений отправил письма греческому епископу в Российское царство , в то время политическому врагу Османской империи . Его переписка была перехвачена и доставлена ​​великому визирю Мехмеду Кёпрюлю, который решил, что Парфений должен предстать перед судом по обвинению в государственной измене. Хотя обвинения оказались ложными, султан Мехмед IV приказал его повесить, чтобы «показать пример тем, кто может попробовать это в будущем». Единственная возможность, которую ему дали освободить, — это принять ислам , но Парфений отказался.

Таким образом, 24 марта 1657 года, в Лазареву субботу, длинная процессия прошла с Парфением из его тюрьмы в место в Стамбуле, названный «Ворота Крюка» (Пармак Капи), где он был повешен. Он пробыл повешенным три дня, а затем был брошен в море. Его тело было найдено христианами и похоронено в монастыре Камариотисса на острове Халки.